A gyökércsatorna kezelés célja, hogy eltávolítsa az összes fertőzést és megszüntesse a gyulladást a kezelt fogban. Időigényes eljárás, amely két vagy több látogatást tesz szükségessé.

Bizonyos esetekben gyökérkezeléssel még menthető a fog és elkerülhetővé válik a foghúzás és a foghiány pótlásának kérdése. Leggyakrabban akkor válik ez szükségessé, ha a fogszuvasodás már elérte a fogbelet, így az begyulladt. Ekkor már nem elegendő csak töméssel ellátni a fogat, gyökérkezelés is szükségessé válik. Ez esetben a beteg jelentkezhet akut panaszokkal is (duzzanat, lüktetés, ráharapási érzékenység), de előfordulhat, hogy az elhalt fogra és elsősorban az ennek következtében a gyökércsúcs körüli elváltozásokra véletlen röntgen leletként bukkanunk rá. Ilyenkor a rtg képen ún. felritkulásként látható elváltozásokért a fertőzött gyökércsatornából kiszabaduló toxinok felelősek.

Ha a fogbél elhalt, akkor a fertőzött fogbél eltávolítására, a csatorna megtisztítására és a fertőzött dentin lehetőség szerinti sterilizálására, valamint szintén a csatorna hermetikus lezárására törekszünk.